Transformace se v první fázi opírá o novelu zákona č. 349/2023 Sb., kterou se mění některé zákony v souvislosti s konsolidací veřejných rozpočtů. Na základě této legislativní změny zaniklo ke dni 30. června 2025 patnáct stávajících celních úřadů a od 1. července je nahradilo šest nástupnických:
- Celní úřad pro Středočeský kraj (Středočeský kraj)
- Celní úřad v Brně (Jihomoravský kraj a Kraj Vysočina)
- Celní úřad v Liberci (Liberecký, Ústecký, Královéhradecký a Pardubický kraj)
- Celní úřad v Ostravě (Moravskoslezský, Olomoucký a Zlínský kraj)
- Celní úřad v Plzni (Plzeňský, Jihočeský a Karlovarský kraj)
- Celní úřad v Praze (hlavní město Praha)
Zároveň došlo i ke změnám v placení daní celnímu úřadu a ty jsou přehledně obsaženy v dokumentu Jak správně zaplatit daň celnímu úřadu, který byl zveřejněn ve Finančním zpravodaji číslo 9/2025